Magdalena Kožená est née le 26 mai 1973 à Brno, en République tchèque. Elle a étudié au Conservatoire de Brno et à l'École supérieure des arts de la scène de Bratislava avec Eva Blahová. Elle a remporté sept prix importants en République Tchèque et à l'international, dont un à l'International Mozart Competition à Salzbourg en 1995. Elle a épousé le chef d'orchestre Simon Rattle en 2008.
Avec un contrat d'exclusivité chez Deutsche Grammophon, Magdalena Kožená a réalisé de nombreux enregistrements, dont les arias de Jean-Sébastien Bach, Le Messie de Haendel avec Marc Minkowski, ou plus récemment des œuvres Wolfgang Amadeus Mozart, Christoph Willibald Gluck et Josef Myslivecek avec le Prague Philharmonia et Michel Swierczewski, des arias françaises avec le Mahler Chamber Orchestra et Marc Minkowski, le Paride ed Elena de Gluck avec Paul McCreesh, un disque de récitals avec Malcolm Martineau et un disque très applaudi des Lamento avec Musica Antiqua Köln et Reinhard Goebel. Son premier disque de récital, qui reprenait Dvorak, Janacek et Martinu a été récompensé par le Gramophone Solo Vocal Award en 2001.
Magdalena Kožená est une artiste accomplie ; elle a chanté sur les scènes les plus prestigieuses du monde entier et dans les plus grands festivals. Elle a notamment fait des apparitions avec, entre autres, le Berliner Philharmoniker, l'Orchestra of the Age of Enlightenment, le Rotterdam Philharmonic, le Philadelphia Orchestra avec Sir Simon Rattle, le Royal Concertgebouw Orchestra avec Mariss Jansons. En 2003, le gouvernement français lui a remis le prestigieux prix de Chevalier de l'Ordre des Arts et des Lettres.