Cañizares est l'une des figures les plus mondialement connues de la scène flamenco et de la musique contemporaine espagnole. Acclamé comme un virtuose de génie, sa virtuosité, ses qualités techniques et mélodiques, la puissance et la sensibilité de son interprétation l'ont distingué comme un artistes unique, considéré aujourd'hui comme l'un des plus grands musiciens flamenco de notre époque.
Sa collaboration avec Paco de Lucía a duré plus de dix ans (1988-1998) ; pour Cañizares, c'est l'expérience la plus décisive dans le chemin vers la maturité artistique. Il figure sur les albums Solo Dúo Trío et Paco de Lucía Septet et a l'accompagné dans les salles les plus importantes d'Europe, d'Amérique, d'Asie et d'Afrique. Ouvert aux expériences musicales les plus diverses, il a également collaboré avec Enrique Morente, Camaróan de la Isla, Serrat, Alejandro Sanz, Mauricio Sotelo, Rocío Jurado, El Ultimo de la Fila, Leo Brower, Peter Gabriel, Michael Brecker, Mike Stern, Al Di Meola, Peter Erskine, The Chieftains parmi bien d'autres artistes.
Également compositeur, Cañizares a écrit la musique de Félix el Loco (2004) et de Caprichos (2007) pour la Spanish National Ballet Company. Il est également l'auteur de bandes originales de films comme La Lola se va a los puertos avec Rocío Jurado et Paco Rabal, et Flamenco de Carlos Saura.
Il a également enregistré The Official Torch Relay Theme (Athens, 2004), et a collaboré avec plusieurs artistes majeurs à travers le monde, sur plus de 100 disques. Parallèlement à sa carrière et à ses concerts, Cañizares passe beaucoup de temps à enseigner et faire des recherches sur le flamenco. Il enseigne la guitare flamenco à l'Escuela Superior de Musica de Cataluña (ESMUC) depuis 2003. Plus récemment, il début une carrière de soliste et est désormais l'auteur de cinq disques.
Le premier, Noches de Imán y Luna, a reçu le soutien créatif de Juan Manuel qui a composé pour lui une pièce brillante, acclamée par le public comme par la critique. Son deuxième album, Original Transcription of Isaac Albéniz, est une suite de transcriptions pour deux guitares des sonates pour piano d'Albéniz, par Cañizares lui-même. Son troisième album, Punto de Encuentro (« point de rendez-vous »), est une réflexion sur les grands artistes et les amis avec lesquels il a collaboré et partagé son expérience de la musique : Mike Stern, Don Alias, Paco de Lucía, Enrique Morente, Hevia, Kepa Junquera, Pastora Soler, ... Avec Suite Iberia, Albéniz by Cañizares, il remplit un objectif qu'il s'était fixé des années auparavant : livre la toute première transcription pour deux guitares de la célèbre Suite du compositeur Albéniz for two guitars, à peine cent ans après sa composition. Ce quatrième disque lui a valu le Spain Academy Prize 2008 du meilleur interprète de la catégorie musique classique.
Cuerdas del Alma (« les cordes de l'âme ») est son cinquième projet d'enregistrement. Voici les mots qui le guident : « nous avons dans nos âmes des cordes symboliques, qui nous permettent de jouer de la musique. Nous vivons des expériences et ressentons des émotions qui jouent ces cordes pour créer la tristesse, la joie, l'illusion, l'amour... » (Cañizares).
En décembre 2011, Mr. Gérard Mortier, le directeur artistique du Teatro Real, a invité Cañizares à participer au concert du nouvel an de l'opéra de Madrid. En mai 2011, il collabore avec le Berliner Philharmoniker, dirigé par Sir Simon Rattle, pour l'un des concerts les plus importants de l'orchestre, l'Europakonzert. Il y interprète le célèbre Concerto d'Aranjuez. Cañizares est le premier guitariste et le second musicien espagnol, après Plácido Domingo, à être invité à participer à ce concert anniversaire. C'est également la première fois qu'un musicien flamenco collabore avec le Berliner Philharmoniker.
Cañizares a récemment accompli une tournée mondiale, au cours de laquelle il a joué dans les plus grandes salles des États-Unis, d'Argentine, d'Uruguay, de Cuba, du Royaume-Uni, d'Allemagne, de France, de Finlande, d'Israël, de Turquie, du Japon...
