Après des études de piano et de clavecin et un début de carrière riche en rencontres artistiques, Emmanuelle Haïm choisit la direction d'orchestre et fonde en 2000
Le Concert d'Astrée. Simultanément, elle est demandée par les scènes internationales les plus prestigieuses.
En 2001, elle connaît un succès retentissant au Glyndebourne Touring Opera avec Rodelinda de Händel. Ses interprétations et son énergie lui valent d’être surnommée par la presse anglaise « The Ms Dynamite of French Baroque ». Elle est ainsi la première femme à diriger au Chicago Lyric Opera (Giulio Cesare, 2007). Fidèle du Glyndebourne Festival Opera, elle y présente de nombreux ouvrages dont Theodora de Händel dans une mise en scène de P. Sellars et L’incoronazione di Poppea, mis en scène par R. Carsen. Elle dirige régulièrement l’Orchestre Symphonique de Birmingham (CBSO),
le Scottish Chamber Orchestra et le Hessischer Rundfunk Orchestra de Francfort. Après avoir dirigé le Los Angeles Philharmonic en 2011, elle y retournera prochainement avant de rejoindre le San Francisco Symphony Orchestra.
En mars 2008, elle est invitée pour la première fois, à diriger l’Orchestre Philharmonique de Berlin, puis en juin 2011 dans un programme Händel et Rameau et lors du Zukunft@BPhil Dance Project en collaboration avec la chorégraphe Vivienne Newport. La relation est telle, que c'est tout naturellement qu’Emmanuelle Haïm et l'Orchestre Philharmonique de Berlin poursuivent leur collaboration, et qu'on l'y verra de nouveau à sa tête. Ses enregistrements pour le label Virgin Classics avec son ensemble Le Concert d'Astrée sont abondamment récompensés : Victoires de la Musique Classique (meilleur enregistrement en 2009 pour Lamenti et en 2008 pour Carestini, The Story of a Castrato), Echo Deutscher Musikpreis, nomination aux Grammy Awards (Dido and Aeneas, 2004, Une fête baroque 2013). Emmanuelle Haïm a aussi collaboré avec Philippe Jaroussky et Le Concerto Köln pour Caldara in Vienna. En 2012 et 2013 sont parus l’enregistrement du concert des 10 ans du Concert d'Astrée Une fête Baroque ! et les DVD de Giulio Cesare de Händel et L’incoronazione di Poppea de C. Monteverdi.
Fidèle représentante du baroque et du savoir-faire musical français, elle est Chevalier de la Légion d’honneur, Officier des Arts et des Lettres et Honorary Member de la Royal Academy of Music. Nordiste de cœur, elle est aussi l’Ambassadrice du Nord à travers le monde.