L'histoire se passe en 1911 et retrace les derniers jours de la vie du compositeur Gustav Mahler. Mahler a cinquante ans lorsqu'il dirige son dernier concert à l'Orchestre Philharmonique de New York, dont il est le directeur musical depuis 1909. En pleine composition de sa Dixième Symphonie, il tombe alors gravement malade. Affaibli, éprouvé, il rentre en Europe pour se faire soigner, avant de décéder le 18 mai 1911.
Ken Russell parsème Mahler de flash-back, au cours desquels il dresse successivement les portraits d'un enfant pauvre souffrant des colères de son père ; d'un jeune musicien frustré par l'antisémitisme au point de se convertir au catholicisme ; d'un époux dur avec sa femme Alma qu'il chérit pourtant par-dessus tout ; d'un père tendre et attentionné détruit par la mort de sa fille..