Compositeur et pianiste improvisateur, Victoire de la Musique 2006, Jean-François Zygel renouvelle le concert classique en l’ouvrant à l’improvisation, au jazz, aux musiques du monde, au théâtre et à la danse.
C'est en 1978 que Jean-François Zygel entre au Conservatoire de Paris. En 1982, il remporte le Premier Prix du Concours International d'improvisation au piano de la Ville de Lyon. Il est nommé professeur d'orchestration au CNSM de Lyon puis professeur d'écriture et d'improvisation au CNSM de Paris.
Passionné par le cinéma muet, Jean-François Zygel compose une musique originale pour le Nana de Jean Renoir (commande du Musée du Louvre). À l'occasion du centenaire de la naissance de la musique de film, il signe l’accompagnement au piano du chef-d’œuvre de Marcel L'Herbier, L'Argent (un DVD Carlotta Films).
En 2011, il collabore avec l'Orchestre national d'Île-de-France pour La Femme sur la lune de Fritz Lang (Cité de la musique). En 2013, c'est la création par l'orchestre de l'Opéra de Rouen d'une nouvelle partition écrite pour La Belle Nivernaise de Jean Epstein (commande de la Cité de la Musique et du Festival Normandie Impressionniste)
Parallèlement à sa carrière de pianiste compositeur, Jean-François Zygel crée en 2006 sur France 2 l'émission La Boîte à musique, dont il est à la fois l'auteur et l'animateur. Suivent en 2007 Les Clefs de l'Orchestre, avec l'Orchestre Philharmonique de Radio France (série retransmise sur France 5, France 2 et la RTBF), puis en 2008 les Leçons d'Opéra et les Nuits de l'improvisation au Théâtre du Châtelet. Toutes ses performances enregistrées et sorties sur le label naïve sont également disponibles en vidéo à la demande (VOD) sur medici.tv.
En 2011, il sort son deuxième album d'improvisation, Double Messieurs (Naïve), en duo avec Antoine Hervé, qui constitue un véritable « carnet de voyage » des concerts donnés pendant la saison 2009-2010. La même année, il lance les Concerts de l'Improbable au Théâtre du Châtelet. Il dispute de nombreuses battles avec d'autres improvisateurs comme Chilly Gonzales, Didier Lockwood, Bruno Fontaine, Andy Emler, Yaron Herman...
En 2012, il est invité à se produire à Toronto en compagnie d’Uri Caine et de Lang Lang pour un concert d’hommage à Glenn Gould à l’occasion des trente ans de sa mort.